为适应新的发展目标，顺鑫农业的管理体制应逐步转变为以股权为纽带的资产管理型集团控股公司，即采用母子公司的管理模式。各控股子公司为独立法人，集团控股公司以资产为纽带，通过资本控制、战略规划和组织管理对不同层次的企业进行资产管理。在管理体制转变的过渡期间，集团公司对分公司仍按照原来的授权经营模式进行管理。
一、母子公司的关系
1．企业集团的母公司及成员企业都要依据《公司法》建立法人治理结构；
2．母公司即集团公司居于集团核心，实施对各控股子公司的股权控制，母公司作为控股子公司的出资人享有资产受益、重大决策和选择管理者的权利；
3．控股子公司是集团公司的控制层，具有独立的法人地位，其生产经营活动受到母公司直接或间接控制；
4．关联公司是集团公司的参股层，或控股子公司的控股、参股层，或母子公司虽未参股但有固定协作关系的企业，集团公司对关联公司可酌情派驻生产技术和财务管理人员，进行监督和指导，或以具有法律效力的合同保证协作关系中的责权利。
5．母、子公司必须遵循公正交易原则。母、子公司之间的交易应完全等同于与第三方之间的交易。没有正当理由，一般不允许开展有利于母、子公司任何一方、而不利于另一方的交易。
6．母公司对子公司的债权债务一般不承担直接责任。
二、管理模式
1．母公司以资产为纽带对控股公司实施纵向管理
母公司为控股公司，按照母、子公司的管理模式，对下属企业进行股权管理。
（1）母公司制定总体发展战略，决定投资方向；通过企业并购、重组和资本市场融资，进行资本运作，实现所属资产的保值增值；对控股企业的生产经营情况进行监督考核。
（2）母公司对四大产业链上的主干企业，通过资产置换，掌握一定比例的股权，即通过股权对企业进行控制。母公司不直接干预控股子公司的经营情况，而是根据市场发展情况和控股子公司的经营情况，通过股权变动，强化股权结构，实现战略性进入或退出。
（3）母公司根据市场情况，向新兴产业或相关产业进行投资，培育新的企业，或参股其他产业，实行多元化经营和战略控股。
（4）各控股子公司为独立法人，可根据企业的实际情况，参股或控股其他企业。

2．各控股子公司的横向联系
母公司除了纵向对其控股的子公司进行资产管理外，还必须把各控股子公司联系起来，形成紧密型的企业集团。
（1）通过股权置换，形成控股子公司之间相互参股、相互渗透、相互协作的关系。
（2）通过产业链条的延伸，通过股权把横向和纵向的相关企业联系起来，形成协作关系。
三、母、子公司管理原则及各自的职责
母公司对控股子公司的管理，要遵循如下原则：
1．坚持股东管法人企业的原则，即集团公司在各控股子公司中贯彻自己的意图不是通过上级给下级下达行政性指令式的做法，而只能通过派遣到控股子公司的股权代表参与各控股子公司的董事会，从而参与其决策。
2．坚持职权和功能分工的原则，主要表现为集团具有战略规划投资决策权，而控股子公司具有利润最大化的功能。
3．坚持集权和分权的原则，该集中的权力集中到集团公司，该分散的权力全部给各控股子公司。
按照母子公司的管理原则，集团公司和各控股子公司分别具有下列职责。集团公司的主要职责是：
决定控股子公司的扩充和境内外重大投资项目；确定控股子公司的大政方针，包括产品发展方向、战略规划、审批中期和年度投资、利润计划；以资本收益全面评价控股子公司的工作业绩；制订实施对各控股子公司控制的主要管理制度，特别是对各控股子公司的资金、利润管理方面的制度；负责协调各控股子公司之间的关系，防止集团内重复建设。
各控股子公司的主要职责是：
享有自主经营权，最大限度地使资产盈利和增值；对一定限额内的投资项目(基建和技改)可自行决策实施；任免中层干部，招聘和解雇公司职工及对职工进行奖惩；根据国家有关政策和集团公司的规定，在本公司的留成利润中合理提取福利基金。

四、管理内容
1．产权控制
（1）对于控股子公司和参股关联公司，集团公司董事会按照所持股份比例委派董事参加其董事会工作；如该持股公司为公众持股的股份有限公司，或设立股东会的有限责任公司，则派员出席其股东会并依持股比例行使表决权选举董事会，以此控制或参与其经营决策，保障集团公司股权的正当权益。各控股子公司均不得反向持股，即不得持有集团母公司股份，以防止产权关系混乱。
（2）对于集团公司参股和关联企业，集团公司董事会可比照上述诸种方式直接或间接控制或参与其经营决策。
2．人事控制
产权放到哪里，人事权就管到哪里。母公司向控股子公司委派董事、监事、财务主管或某些部门的负责人，对控股子公司进行控制。母公司一般要通过控股子公司董事会的决策机制落实并实施总公司的战略意图。
控股子公司根据生产、经营需要，聘任或解聘中层管理干部，制定人事制度，报集团公司备案。
3．财务控制
（1）母公司财务机构由公司财务副总经理统一分管负责。
（2）母公司对控股子公司实行财务总监委派制。财务总监代表投资人利益对下属公司实施监督。
（3）财务制度须由公司总部统一制定，母公司制定的规章制度，汇编成册，发到下属企业统一执行。财务制度要求分公司强制执行；各控股子公司通过其董事会贯彻执行；对关联公司，具有一定约束性。
4．公司建立多层次财务监督机制：
（1）母公司设立审计部进行监督管理；
（2）控股子公司内部监督，可在财务部设立审计岗位，进行日常监督管理；
（3）接受企业外部国家、地方财税或审计部门的审计、财税大检查、清产核资、资产评估、必要时聘请独立的执业会计师进行公正审计；
（4）加强对企业管理层任职前、任职间、调岗、离职的审计检查，及定期、不定期地进行全面的或抽查性的监督活动。